A Reforma de 1908

Entrando no novo século, a Companhia Paulista empreendeu a reforma ou reconstrução de diversas estações ferroviárias sob sua administração.

Em São Carlos, o edifício original, que compõe o corpo do atual prédio, possuía fachada de alvenaria em tijolo aparente, típico da arquitetura inglesa. Era formado por um corpo central retangular, de dois pavimentos, coroado por um frontão triangular com óculo, e por duas alas laterais de um pavimento. Suas janelas eram do tipo venezianas, com folhas de abrir e portas tipo balcão de madeira. O piso superior do corpo central possuía 10 janelas, com traves em arco e frisos encurvados. O piso térreo possuía 10 aberturas, com traves retas, entre elas os portais de acesso à estação. A ala à esquerda do corpo central possuía três aberturas e a ala à direita seis aberturas, incluindo duas portas, todas elas com traves horizontais superiores retas e coroamento ornamental. Ao final do edifício, dos dois lados, existiram coberturas livres com rendilhado de inspiração neogótica. Toda a extensão da fachada era marcada por frisos e colunas em ressalto, que conferiam ritmo regular à sua composição.
Em 1908, a primeira reforma empreendida na estação ferroviária de São Carlos modificou sua fachada e ampliou seu corpo principal, conferindo linhas classicizantes, com características da arquitetura eclética. A alvenaria de tijolo aparente foi revestida com reboco. As colunas em ressalto e as marcações das portas e janelas se mantiveram, entretanto, aplicaram-se frisos e ornamentação composta por elementos ecléticos em toda sua extensão. O frontal triangular presente no corpo central do edifício foi eliminado, dando lugar a um frontal onde foi instalado, em 1912, o relógio. As traves retas dos dois portais de entrada foram alteradas para arcos e receberam uma cobertura de vidro e estrutura em ferro fundido. A cobertura livre da extremidade da ala esquerda do edifício foi retirada e no local construído o anexo dos banheiros, em estilo eclético com influência mourisca. Na ala à direita, a cobertura também foi retirada e o edifício ampliado em seu andar térreo até o quarteirão ali existente, fazendo um “L” com uma antiga Fábrica Ciarrochi (fábrica de marretas). Novas portas e janelas foram incluídas de acordo com os novos usos (depósito, despacho/recebimento de mercadorias, clínica médica).

A partir de 1914, a Companhia Paulista iniciou um processo de remodelação das linhas e ampliação da bitola a partir de Rio Claro. Nessa ocasião, o trecho até São Carlos foi refeito de acordo com o traçado planejado originalmente pela Paulista no final dos anos 1870, recusado pelo governo provincial sob pressão dos fazendeiros da região. Essa alteração de traçado representou uma redução de 30 quilômetros no percurso.
A entrega da duplicação da bitola da estrada de São Carlos aconteceu em 1916. Na ocasião também foi inaugurado o novo largo da estação. O primeiro nome da praça localizada em frente à estação ferroviária de São Carlos foi “Visconde de Rio Claro”, em homenagem a José Estanislau de Oliveira, sogro do Conde do Pinhal morto no ano da inauguração do prédio, em 1884. A partir de 1916, a praça passou a chamar-se Conselheiro Antônio da Silva Prado, em homenagem ao então presidente da Companhia Paulista de Estradas de Ferro. Antônio Prado esteve presente à inauguração da bitola larga e recebeu pessoalmente a homenagem por parte da cidade.
Outra grande obra da paulista que impactou a cidade foi a eletrificação das linhas, iniciada em 1920. A Companhia Paulista foi a primeira empresa do Brasil a eletrificar suas linhas, tendo sido também um dos maiores empreendimentos do gênero no mundo. Segundo a propaganda da época, a eletrificação da linha possibilitaria um deslocamento maior e mais rápido dos comboios, uma vez que permitiria a composição de máquinas maiores, e demandaria custos menores de manutenção frente a tração a vapor. Em São Carlos, a inauguração da eletrificação aconteceu em 1928, tendo sido instalada a subestação na área da vila ferroviária existente a pouca distância da estação.
Os investimentos nas ferrovias se prolongaram principalmente até os anos 1930. Em São Carlos houve a ampliação do piso superior das alas à esquerda e à direita do corpo central, mantendo as características ecléticas do edifício. Ocorreu ainda a alteração das aberturas do piso térreo à direita, com a instalação de novas portas e cobertura metálica sobre elas. As esquadrias de madeira das janelas foram substituídas por esquadrias metálicas (vitrôs).

Contudo, com a derrocada da economia cafeeira, já anunciada pelas crises climáticas e financeiras das décadas anteriores, e a quebra da bolsa de valores de Nova Iorque em 1929, a história da ferrovia iniciou uma fase de estagnação e paulatina desvalorização.
Considerando que as ferrovias construídas no Estado de São Paulo estavam a serviço da economia cafeeira, a derrocada do café em 1929 acarretou perdas significativas para as companhias.